人体のメカニズム 体内で必要な水素（H2）は食物繊維から腸内細菌が作ってくれる
体内における水素の供給源は、腸内細菌である。平均的には、腸内細菌の約7割が水素を産生を可能にするヒドロゲナーゼという酵素を持っている。主な細菌は、フィルミクテス門に属するブラウティア属や、バクテロイデス門のバクテロイデス属であり、それらは嫌気性細菌である。これらの細菌を増やすには、大腸まで未分解のまま届く難消化性の食物繊維を食べる必要がある。
腸内細菌のカテゴリー
人体のメカニズム 
疾患-予防医学 指定難病のIgA腎症も腸内細菌叢が大きく関わっている
IgA腎症とは、腎臓の糸球体に免疫グロブリンA（IgA）が沈着して炎症を起こす慢性糸球体腎炎である。口蓋扁桃で異常なIgAが増産されることが引き金になると考えられており、治療のために口蓋扁桃の摘出が行われる。併せて、ステロイドパルス療法が行われる。しかし、腸内細菌叢が大きく関係しているという事実が明らかにされつつある。
感染症 腸の調子が悪いと粘膜免疫の力が落ちる
鼻や口から侵入した病原体は、侵入部位粘膜の免疫担当細胞や、腸管のパイエル板に存在する免疫担当細胞を刺激する。その際、特定の腸内微生物が存在していることによってM細胞の活動が活発になり、樹状細胞を経てB細胞が活性化されやすくなる。その結果、B細胞は速やかにIgA産生形質細胞へと変化し、全身の各粘膜組織まで移動し、そこで分泌型IgAを産生する。
生命-進化 アミラーゼ遺伝子と体質の関係
ヒトのアミラーゼをコードする遺伝子のうち、唾液腺のアミラーゼをコードする遺伝子がAMY1 である。日本人の場合、AMY1 のコピー数は2～16個あたりまで広く分布しているが、4個の人や7個の人が比較的多い傾向が見られる。AMY1のコピー数が多い子どもは、早寝早起きであり、朝食をしっかりと食べる傾向が見られる。
感染症 あなたの体は常在ウイルスや常在細菌が守ってくれる
肺の健全な微生物叢が外来病原微生物感染を防ぐ。また、肺の健全なウイルス叢が外来ウイルス感染を防ぐ。ところが、不必要な消毒やワクチンの使用などの人為的介入が、常在微生物や常在ウイルスを無くしてしまい、感染症を増やす結果になっている。
抗老化-アンチエイジング アルギニンは大腸内のポリアミンの原料である
口から放り込んだアルギニンや、タンパク質が消化されて生じたアルギニンは、その殆どは小腸で吸収されてしまうため大腸まで届かない。大腸にてアルギニンを生じさせ、大腸にてポリアミンを得ようとするのなら、例えばオカラに多く含まれる難消化性ペプチドを摂取することである。
疾患-予防医学 健康体を作るのは莫大な種類の土壌細菌たちである
良質かつ莫大な種類の細菌が居るのは、生物多様性の高い森林の土壌中である。子どもの頃に森林の土壌細菌を取り込むと、それが腸内細菌として登録され、定着し、その後は食べた植物質を餌として繫栄し、健全な心身を作ってくれる。
疾患-予防医学 花粉症を抑えるのも酪酸産生菌
花粉症を必要以上に激化させているのはヘルパーT細胞のうちのTh2の増加とTh1の減少である。その原因となっているのが、酪酸などの短鎖脂肪酸を産生する腸内細菌の減少である。アレルギー疾患を防ぐためには特に酪酸産生菌を増やすことが重要になる。
がん-癌 大腸がんを防ぐための基本的な心構え
大腸がんの最大原因は、不適切な食事による腸内細菌叢の悪化である。これを防ぐには、食欲に負けないようにし、出来る限り、祖先が食べてきたような未加工・未精製の食材を選び、それと共に自然界の多くの細菌種を取り込むような生活を続けることである。
腸内細菌 腸内細菌は登録制になっているため最初が肝心
腸内細菌は大腸内に圧倒的に多く生息しており、大腸内では何割かが粘膜表層に在る粘液中に存在している。この粘膜中に居る細菌が常在細菌であり、免疫系によって登録・管理されている。その他の細菌は粘液中には潜り込めないように、IgAなどが防御に当たっている。
栄養-栄養素 大腸の粘膜細胞は腸内細菌がくれた酪酸をエネルギー源にしている
大腸内壁の粘膜細胞は、腸内細菌が排出した酪酸を主とした短鎖脂肪酸をエネルギー源にしている。その酪酸は、酪酸産生菌（酪酸菌）が作り出すものであるため、酪酸菌のエサとなる食物繊維を、しっかりと摂ることが必要である。
栄養-栄養素 腸内細菌を軽視した栄養指導や医療行為は悪である
「腸内細菌のために、これを食べてください」という指導は、めったに行われない。しかし、私たちが生きて行けるのは腸内細菌のお陰なのであり、間違った指導によって腸内細菌叢が不全になると、様々な疾患へと進行してしまうことになる。